Společnost ČEPRO, a.s. získalo v minulosti řadu certifikátů a osvědčení na poli bezpečnosti a kvality poskytovaných služeb. Mezi nejvýznamnější patří certifikát systému řízení kvality dle ČSN ISO 9001, v oblasti bezpečnosti pak osvědčení národního programu Bezpečný podnik a v oblasti ochrany životního prostředí získala společnost ČEPRO, a.s. zatím svůj poslední certifikát a to dle ČSN EN 14001.